Альтернатива TreePad'y: MNC (My Notes Center) отечественного производителя. Формат файлов свой, причем бинарный (картинки хранятся внутри :( ). Импорта из HJT/XML пока нет, поэтому переезжать с TreePad'a я лично пока не стал, хотя хотелось бы.
В новых версиях обещается хранение данных в SQLite базе.
Пока бесплатная, но будет платной.