Открыл для себя unixовый аналог Palm Desktop - JPilot.
Последняя на данный момент версия (0.99) умеет перекодировать данные между стандартной для пилота кодировкой Windows-1251 и юниксовой koi8-r. К нему же есть малое количество плагинов, среди которых - SyncMAL для AvantGo.