Наверное многие заметили, что интерактивный Flash на страницах при показе в MSIE требует, чтобы на него сначала кликнули мышкой. Это началось недавно, после очередного update'a. Вот здесь рассказывается о проблеме и способах ее решения.
На сайте Microsoft тоже кое-что написано, но куда менее конкретно.